En 1762 se nombró patrono de la villa de León a San Sebastián, quien ya era venerado en esa iglesia. En 1766, con la secularización de las parroquias, los franciscanos dejaron el curato, que fue tomado por el clero secular en 1777.

  La fachada principal neoclásica (siglo XIX) sustituyó a la original, herreriana, de la que aún se conserva la portada lateral. Su cúpula no lo es en rigor, ya que carece de tambor. El domo, constituido por gajos, arranca de la techumbre y en él están los ventanales o lunetos.

  El templo de la Tercera Orden, construido en el siglo XVIII por la hermandad franciscana de este nombre, y adjunto al costado norte de la Parroquia del Sagrario. Los franciscanos lo dejaron de atender en 1767 y se desplazaron a la iglesia del Coecillo, con lo que el culto decayó, recuperándose en la última década del siglo XIX.